安土桃山時代から江戸時代前期に活躍した大名である。豊臣秀吉の又従弟として、文禄の役や伏見城築城に貢献し、但馬八木領を与えられた。関ヶ原の戦いでは西軍に属しながらも、戦後徳川家康から所領を安堵され、丹波由良藩に転封された。しかし、寛永5年（1628年）に改易され、別所氏は大名家として滅亡。改易の理由は「病と称して鷹狩りに興じたため」とされるが、詳細は不明。長男の守治は後に赦免され、家は旗本として存続した。改易の背景には、旧豊臣系大名への幕府の警戒や金山奉行としての役職が関係していた可能性がある。