幼少期に出家し比叡山で生活するが、嘉永7年（1854年）に還俗し清水谷家を継ぐ。安政5年（1858年）には元服して従五位下を受け、文久2年（1862年）に侍従となる。慶応4年（1868年）の戊辰戦争で蝦夷地鎮撫を進言し、箱館裁判所総督に任命される。榎本武揚率いる旧幕府軍との箱館戦争を経て青森に撤退し、その後の戦争処理に関与。明治4年（1871年）からロシアへ留学し、帰国後に家督を継ぐ。明治15年（1882年）に38歳で死去し、従三位を授けられた。学問にも従事し、開拓使の設立に関与した。