遠州掛川藩の第2代藩主として、小笠原長庸は元文2年（1737年）に先代藩主・小笠原長煕の婿養子となった。元文4年（1739年）に養父の隠居により藩主の座を継承したが、延享元年（1744年）に23歳で早世した。法号は竜山崇吟詳雲院で、愛知県豊橋市の臨済寺に墓がある。長男の長恭が跡を継いだ。