建久9年（1198年）、3歳で天皇に即位し、父・後鳥羽上皇の院政の下で治世を担った。承元4年（1210年）、異母弟の順徳天皇に譲位し上皇となる。承久3年（1221年）の承久の乱には関与せず、父の流罪を受け、自ら土佐へ配流を望んだ。その後、阿波に移され、幕府からは厚遇を受けた。寛喜3年（1231年）に出家し、同年に崩御した。土佐や阿波に流されたことから土佐院、阿波院とも称される。京都府長岡京市に陵がある。徳島県の阿波神社や大阪府の水無瀬神宮では祭神として祀られている。